Margarita Huencho se desempeñó activamente durante la Unidad Popular a favor de la reforma agraria, organizando a los campesinos y haciendo educación sobre la nueva política de administración de las tierras. Durante la dictadura formó parte de grupos de mujeres que denunciaban los abusos de los militares y luchaban por recuperar la democracia. Formó parte de los grupos fundadores de SERPAJ y MUDECHI.